1644年，清军入关，在北京建立清朝政权。

1661年4月，郑成功以南明王朝招讨大将军的名义，率2.5万将士及数百艘战舰，由金门进军台湾。

郑成功在进军台湾时，向荷兰殖民者表示，台湾“一向属于中国”，台湾和澎湖这两个“岛屿的居民都是中国人，他们自古以来占有和耕种这一土地”，荷兰“自应把它归还原主。”经过激烈战斗和围困，1662年2月，郑成功迫使荷兰总督揆一签字投降。

郑成功从荷兰殖民者手中收复了中国领土台湾，成为一位伟大的民族英雄，受到广大人民的敬仰。

1684年，清政府设置分巡台厦兵备道及台湾府，隶属于福建省。

至1811年，台湾人口已达190万，其中多数是来自福建、广东的移民。

移民大量开垦荒地，使台湾成为一个新兴的农业区域，并向大陆提供大量稻米和蔗糖，由大陆输入的日用消费品和建筑材料等，使台湾的经济得到相当程度的发展。

这个时期，台湾与福建、广东的来往十分密切，中华文化更加全面地传入台湾。

由于西方列强向中国边疆侵逼，中国出现了边疆危机。

1884—1885年中法战争期间，法军进攻台湾，遭刘铭传率军重创，到1885年6月《中法新约》签定，法军被迫撤出台湾。

中法战争以后，清政府为了加强海防，于1885年将台湾划为单一行省，台湾成为中国第20个行省。

首任台湾省巡抚刘铭传积极推行自强新政，清理田赋，增加财政收入，购买轮船，架设电报线，设立邮电总局，建造铁路；购买军舰，增设炮台，设立机器局自造武器；成立煤务局，安装新式采煤机器；设立兴市公司，建街造路；创立西学堂、电报学堂，培养建设人才。

刘铭传把众多新式事业集中于一省，使台湾成为当时中国的先进省份之一。

1894年日本发动甲午战争，翌年清政府战败，于4月17日被迫签订丧权辱国的《马关条约》，把台湾割让给日本。

消息传出后，举国同愤，反对割台；台湾全省“哭声震天”，鸣锣罢市。

协理台湾军务的清军将领刘永福等率军民反抗日本的侵占，坚持了5个多月的战斗，历经大小百余仗，使日本侵略者付出了惨重的代价，但终遭失败。

从此，台湾沦为日本的殖民地达50年之久。

台湾人民从未屈服日本的殖民统治，在日据初期，以农民为主体的抗日武装进行了长达20年的斗争。

后来，文化协会、民众党、共产党等还组织领导了反抗日本殖民统治的民族抵抗运动。

1937年7月日本制造“七七事变“，中国人民开始了全民族的抗日战争。

在抗日战争时期，不少台湾同胞回到祖国参加抗战，为抗日战争的胜利和台湾的光复作出了贡献。

1941年12月太平洋战争爆发后，12月9日，中国政府发出《中国对日宣战布告》，明确昭告中外：“所有一切条约、协定、合同，有涉及中日之间关系者，一律废止。”

1945年8月，日本在第二次世界大战中战败，8月15日宣布无条件投降。

中国人民经过8年英勇的抗日战争，终于收复了台湾。

台湾同胞欢天喜地，庆祝回归祖国。

10月25日，同盟国中国战区台湾省受降仪式于台北举行，受降主官代表中国政府宣告：自即日起，台湾及澎湖列岛已正式重入中国版图，所有一切土地、人民、政事皆已置于中国主权之下。

至此，台湾、澎湖重归中国主权管辖之下...