盛怒中的汉武帝听了司马迁这番话，认为他是为李陵辩解，是在故意贬低当时正在打匈奴而又很不顺利的李广利，于是命令把司马迁判为死罪（或以腐刑代替）。

汉武帝时代，判了死罪的可以出钱五十万减死一等。

但家境并不富裕的司马迁拿不出这一笔钱，只能受「腐刑」（宫刑）来选择「偷生」这条路。

不幸的遭遇，使司马迁精神受到极大刺激，曾一度想自杀，但他想起了父亲的遗言，又以古人孔子、屈原、左丘明、孙子、韩非等在逆境中发愤有为鼓励自己，终于以惊人的意志忍辱负重地活了下来。

身心备受摧残、忍辱含垢生活的司马迁深知，「人固有一死，死有重于泰山，或轻于鸿毛」。

他决心以残烛之年，完成父亲要他完成的史书。

经过六年的囚禁生活，征和元年（前93）终于出狱。

武帝对司马迁的才能还是爱惜的，任命他为中书令。

从此他埋首奋发著述，终于完成了「究天人之际，通古今之变，成中家之言」的巨著——《史记》。