两者的区别在于：

1、颜色区别：

玉米淀粉颜色要暗一些，木薯淀粉呈白色。

2、口感区别：

玉米淀粉口感、性质是无法和红薯相比的。木薯淀粉的天然的强筋原料，口感像红薯淀粉一样柔软筋道，有薯香。

3、耗糊量区别：

玉米淀粉颗粒较小，须膨胀到一定之程度，才会产生粘性，所以使用粘度略高，其干燥速度较慢，所以修边机出来之浆糊较湿，一般而言，耗糊量略高。木薯淀粉颗粒较大，稍为膨胀，浆糊就会产生粘性所以使用粘度略低，其干燥速度较快，所以修边机出来之浆糊较干，一般而言，耗糊量略低。

4、使用区别：

玉米淀粉适合做菜勾芡，作为原料可以直接用于粉丝、粉条、肉制品、冰激凌等方面，需求稳定。

木薯淀粉适合做需要精调味道的食品，比如蛋糕布丁或西饼的馅料。它的粘性很高，可以做为增稠剂、粘结剂、膨化剂和稳定剂，同时木薯淀粉也是制作口香糖和果冻的原料。