1、组织不同

中统是“中国国民党中央执行委员会调查统计局”的简称。国民党C.C系陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。

军统是“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。

2、前身不同

中统的前身是由C.C系分子所组成的国民党中央组织委员会党务调查处。1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由C.C系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。

军统前身是“军事委员会密查组”（1927年建）、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处（1937年建）。

3、分布范围及任务不同

军统重要的经营者为谍报奇才戴笠，在他的苦心经营下，特工人员最多达到近5万人，分布在国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，从事监听、绑架、逮捕和暗杀等活动。

中统在国民党各省、市、县党部都有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国 。主要是清党，护蒋，反共，镇压，维护独裁，破坏民主。