南京的985大学有2所，为南京大学和东南大学。南京大学简称南大，是全国重点大学，中央直管高校，位列双一流A类、211工程、985工程重点建设高校。东南大学简称东大，主校区位于江苏南京 ，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家双一流A类、985工程、211工程。

南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。南京大学最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国第一所以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体的现代大学，被国际上誉为东方教育的中心。

东南大学创建于1902年的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1988年5月，学校复更名为东南大学。2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。