哈尔滨医科大学本科和专科不在一起，本科位于本部校区，专科位于大庆校区。大庆校区地址为黑龙江省大庆市高新区新阳路39号、本部校区地址为位于哈尔滨市南岗区保健路157号。哈尔滨医科大学位于黑龙江省哈尔滨市，为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校，是省部共建大学、黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校。

学校设18个二级院部和8个事业单位。现有教职工17089人。有中国工程院院士2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，教育部高等学校教学指导委员会委员18人，全国医学专业学位研究生教育指导委员会委员3人，国家级教学名师3人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者1人，入选“长江学者”9人，享受国务院政府特殊津贴89人。

哈尔滨医科大学校园总面积236万平方米，其中，哈尔滨医科大学大庆校区占地面积114万平方米；学校下设18个二级院部；6所直属附属医院；校本部开设18个本科专业；有博士后科研流动站5个，一级学科博士点9个，二级学科博士点62个，一级学科硕士点11个，二级学科硕士点64个；有教职工16958人，在校本科生7972人（不含大庆校区），研究生5799人，留学生641人。