1） in the tree 一般指外来的东西在树上，不是树本身所有，如人、动物等在树上。

例如：There is a bird in the tree. 树上有一只鸟。 

He saw a cat in the tree. 他看见树上有一只猫。

Jack is in the tree. He can’t get down. 杰克在树上，他下不来了。
2）on the tree 通常指树本身长出的东西，如枝、叶、花、果等。

There are many apples on the tree. 树上有许多苹果。

She’s picking oranges on that tree. 她在摘那棵树上的橘子。