知府衙门为知府的办事机构，亦称府署，府衙。

通常主要设有府堂、经历司、照磨所和司狱司。

府堂是知府衙门中一个综合性的办事机构，内有典史若干人。

经历司，是知府衙门内掌管出纳文移诸事的机构，设经历1人秩正八品，知事1人轶正九品。

照磨所，是知府衙门掌勘磨卷宗等事的机构，设照磨1人，秩从九品。

司狱司，是知府衙门掌察理狱囚诸事的机构，设司狱1人，秩从九品。

吏房：掌署内考勤，乡绅、丁忧、起复，在外省做官各事。

户房：掌户口管理，征税纳粮，灾荒赈济等事。

礼房：掌兴学、科举、教化、旌表、礼仪、祭祀、节庆等事。

兵房：掌兵差、民壮、考武、治安等事。

刑房：掌破案侦缉、堂事笔录、拟写案牍，管理刑狱诸事。

工房：掌工程营造，修理仓库，起盖衙门等事。

铺长房：掌邮传及迎送官员之事。

承发房：应办各种公文信札，皆由此房挂号，又分发各房转办。

各房办事人员通称典吏，而各房之头目，或称经承，或以各房之名冠之，称吏书、户书、礼书、兵书、刑书、工书。

其下工作人员称胥吏、书吏、书办等。

各房书吏一般为十余名，不超过20人，他们不是官员，没有品级，大都是举业无望之人，只好掏钱纳粟买来书吏差事，或通过招募考试而被选用。

此外，各府还设有儒学，置教授1人，掌教育在学之士，考察生员学习、品德之优劣等，以训导佐之。

医学，设正科一人，品秩未入流，为府属之医官。

阴阳学，设正术一人，未入流，为府之阴阳官，兼辖星学。

僧纲司，设都纲一人，从九品，副都纲一人，未入流，为一府管理僧人之官员。

道纪司，设都纪一人，从九品；副都纪一人，未入流，为府内管理道士之官员。