学校设有临床医学院、基础医学院、口腔医学院、公共卫生与管理学院、中医学院（回医学院）、护理学院(高等卫生职业技术学院)、药学院、理学院、继续教育学院、国际教育学院、马克思主义学院（人文社会科学部）、体育部、外国语教学部等13个学院。

学校拥有8个一级学科硕士学位点，3个专业学位点，并承担着国家教育体制改革研究生教育改革试点项目。

有中医温病学、中医脾胃病学、中医心病学、中医肝胆病学、中医诊断学、推拿学、回医学、回药学等8个国家中医药管理局中医药重点学科，人体解剖与组织胚胎学等9个自治区级重点学科。

 2016年，临床医学学科进入世界基本科学指标数据库（ESI）排名前1%，实现了宁夏区高校ESI排名“零”的突破。